平成21年に社会医療法人格の認定を受け、また新築移転を行っています。
地域ニーズに合わせ整形外科、脳神経外科を中心に救急医療に対応されています。
併設の施設として老健施設や、訪問看護ステーションも完備し、地域の医療機関と補完的な関係を保っています。

地域の中核病院として、病診連携をはかり、救急医療と高齢者医療の充実に努めています。

平成25年7月に新築移転しています。消化器専用の外来フロアーがあり、男女別の待合も完備するなど胃、大腸、肛門疾患に特化した病院です。内視鏡検査については年間8,000件以上を実施しており、内視鏡専門医も多く在籍しています。
痔、ソケイヘルニア（脱腸）、下肢静脈瘤などの短期入院での手術対応も行っています。そのほか内科、整形外科にくわえ、泌尿器科、婦人科も新設し、より質の高い専門治療を目指しています。

平成26年10月1日、社会医療法人の認定要件である救急医療確保事業の実績を満たした為、従来の特定医療法人社団から新たに社会医療法人会として発足する運びとなりました。
CTスキャン・手術用顕微鏡・MRI等を導入して、郡上市全域の第二次救急指定病院として、24時間365日の救急医療体制を充実させ地域医療に貢献してまいります。

平成22年8月に公益性の高い社会医療法人として認定されました。

私どもは昭和38年の開院以来、地域医療を第一に考え診療をしてまいりました。
そんな中で患者様によりよい医療をご提供するために、平成13年12月1日、五井病院は生まれ変わりました。新病院は予防・治療・介護の三本柱をコンセプトにし、予防では、健診センターを併設し各種健診や出張健診、人間ドックを行い、皆様の健康管理をいたします。
治療では救急医療や各種内視鏡手術などの最新医療と、クリーンルームの手術室、集中治療室、超伝導MRI等の最新の設備、また各病室には分散型トイレをはじめとしたゆったりした療養空間を提供いたします。
介護では、市原訪問看護ステーションを併設し在宅でよりよい療養生活が送れるようにサポートいたします。また病院全体も院内LANシステムで結び、情報の的確な伝達ができるようになりました。このような最新の技術と設備、そして環境で地域の皆様の健康に少しでもお役に立てるよう、努力してゆく所存でございます。

小規模病院ながら筑波大学、獨協医科大学の大きな支援を得て、多くの専門外来を有しています。さらに外科系急性期病院として県の輪番制救急二次病院の指定を受け、地域医療の二次施設に必要な高度機能を備えるとともに、禁煙サポートなど予防医学にも力を尽くしています。